Przynależność wyznaniowa Frankla stała się współcześnie polem walki politycznej. Analiza jego biografii pozwala dostrzec, że na początku kariery był entuzjastycznie nastawiony do ruchów reformatorskich, jednakże wyraźnie się od tego odciął w liście z lipca 1845 roku, w którym zaatakował odbywającą się we Frankfurcie konferencję reformowanych rabinów.

W tym czasie w Niemczech można mówić tylko o dwóch odłamach judaizmu. Jeżeli ktoś nie należał do reformy, był częścią tradycjonalistów. Poprzez zerwanie z ruchem liberalnym Frankel siłą rzeczy wrócił do obozu tradycjonalistycznego. Niektórzy członkowie tej grupy byli nazywani konserwatystami w tym sensie, że chcieli utrzymać tradycyjne zwyczaje. Trudno jednak odnaleźć związek między ich postawą a współczesnym judaizmem konserwatywnym, który powstał dopiero po śmierci Frankla, w Ameryce.

Jeden z najwybitniejszych studentów Frankla, dr Bernard Drachman, mawiał, że jego nauczyciel był zawsze tradycjonalistą w przestrzeganiu przepisów judaizmu oraz że należał do nurtu ortodoksyjnego. Utrzymywał również, że Żydowskie Seminarium Teologiczne w Breslau opowiadało się za „obowiązującym prawem żydowskim”. Drachman został profesorem w Żydowskim Seminarium Teologicznym w Stanach, w tym samym czasie był również prezesem Związku Ortodoksyjnych Gmin Żydowskich w Ameryce.

Wielu absolwentów instytucji kierowanej przez Frankela służyło w ortodoksyjnych synagogach. Niektórzy twierdzą nawet, że przeważająca liczba przedwojennych ortodoksyjnych rabinów ukończyła szkołę we Wrocławiu. Nurt ten dominował również w początkowych latach amerykańskiego seminarium. Wielu z pierwszych absolwentów zajęło znaczące pozycje w ortodoksyjnym świecie żydowskim – jak chociażby rabin J.J. Hertz, który był Naczelnym Rabinem Wielkiej Brytanii i Brytyjskiej Wspólnoty Narodów. O stopniu, w jakim amerykańska uczelnia – wywodząca się od tej w Breslau – była ortodoksyjna, świadczy, że w latach 20. XX wieku jej kanclerz Cyrus Adler prowadził rozmowy o połączeniu instytucji z jesziwą Związku Gmin Ortodoksyjnych, REITS.

To prawda, że rabin Samson Rafael Hirsch kwestionował wiarygodność Frankela. Swoje oskarżenia kierował również do kilku innych wybitnych ówczesnych rabinów, nie zgadzał się bowiem z kierunkiem, w którym podążali tradycjonaliści. Rabin Rapaport (Naczelny Rabin Pragi) i kilku innych próbowało stanąć w obronie Frankela i prowadzić mediacje. Ostatecznie zakończyło się to starciem opinii rabina Hirscha i bardziej liberalnych tradycjonalistów (wśród nich dyrektora berlińskiego seminarium – Dawida Cwi Hoffmana i historyka wrocławskiej szkoły – Henryka Cwi Graetza).

Interesujący może być fakt, że Samson Rafael Hirsch jako jedyny w wydanej w XIX wieku książce o ówczesnych rabinach jest opisany jako „konserwatywny” (wspomina się tam również Frankela). Współcześnie toczy się spór, czy Hirsch był przedstawicielem nowoczesnej ortodoksji czy ultraortodoksem (charedi). Frankel nawoływał do zmiany Halachy – a proces przemian miał wyglądać następująco: „Droga, którą obierzemy, musi być wybrana z ostrożnością, przemyślana z dużą rozwagą i zawsze ze świadomością czasów, w których żyjemy, aby cel został osiągnięty niemal niezauważalnie, żeby postęp wydawał się mało znaczący w oczach przeciętnej osoby” (z listu do Solomona Herxheimera, Brandenburgia, 30 czerwca 1836 r.).

Dokładnie tak Halacha rozwija się w świecie ortodoksji. Tak działo się to w tradycyjnym judaizmie przez tysiące lat. Jest wystarczająco dużo miejsca na wprowadzenie zmian, ale proces ten może być wewnętrzny i naturalny i może przebiegać tak spokojnie, że niemal niezauważalnie. Mimo że Frankel i jego pozytywno-historyczne podejście do judaizmu zostały teraz przywłaszczone przez ruch konserwatywny, niekoniecznie sam Frankel tak o sobie by powiedział.

Kilku moich nauczycieli i kolegów wyraziło opinię, że gdyby nie utarło się określenie Frankela jako „intelektualnego ojca nurtu konserwatywnego”, prawdopodobnie, dzięki zasadniczemu odcięciu się od ruchu reformatorskiego, zostałby okrzyknięty wielkim Baal Tszuwa (powracającym do tradycyjnego judaizmu) i inspirującym wzorem. Innymi słowy, Frankel nie tylko przynależał do nurtu ortodoksyjnego, ale był również jednym z jego niedocenionych bohaterów, a jego książki studiowane są w wielu jesziwach nurtu nowocześnie ortodoksyjnego i syjonistyczno-religijnego (dati leumi).